Nintendo Network ID är ett användarkontosystem som ger spelare tillgång till Nintendo Network, Miiverse samt andra onlinefunktioner.
För att kunna ladda ned gratis demos och programvara från eShop krävs att man har ett Nintendo Network ID, vilket ersätter det tidigare systemet där varje konsol hade en egen eShop. Spelare som äger både ett 3DS och Wii U kan länka båda konsolerna till samma system, vilket tillåter att summor överförda till Nintendo eShop från antingen presentkort eller kontokort är tillgängliga från båda systemen.
För tillfället kan endast ett 3DS-system länkas till ett Nintendo Network ID åt gången, men Nintendo har givit uppgifter om att detta kan komma att ändras i framtiden.